Aperçu des sections

  • Généralités

  • Fiche contact

    Dr. KADI Assia

    Email: 

    kadi.bioch@gmail.com

    assia.kadi@univ-annaba.dz

    • Objectifs d’apprentissage

      À la fin de ce cours, l’apprenant doit: 

      - Comprendre la complexité du repliement tridimensionnelle des protéines, 

      - Méthode d’obtention d un cristal de protéine

      - Méthode de dénaturation et techniques de séparation, de dosage et d’identification des protéines.

      - Identification des protéines extraites à partir d’un tissu ou d’un fluide biologique

      - Utilisation des banques de données protéiques.

      - Séparation des protéines et la quantification des variations de leur taux

      d’expression en fonction de leur environnement.

      - Techniques (biochimiques et génétiques) de mise en évidence des interactions protéiques.

      • Syllabus

      • Description du cours

        Matière: Protéomique.

        UE: Unité d’enseignement fondamentale.

        Spécialité: Biologie Moléculaire et Cellulaire (Master 1).

        Semestre: 2

        Crédit: 6

        Coefficient: 3

        Ce cours est destiné aux  étudiants de Master 1 immunotoxicologie, il contient quatre chapitres qui couvrent les trois volets de la protéomique, structurale, analytique et fonctionnelle. 

        - Le premier chapitre appartient à la protéomique structurale avec la determination de la structure spatiale des protéines par cristallographie à rayons x.

        - les deuxième et troisième chapitres couvrent la protéomique analytique avec les techniques suivantes:

               —> Le SDS-PAGE et le western blotting qui permettent l’étudie de l’expression des protéines d’un organisme vivant;

               —> l’électrophorèse 2D et  la spectrométrie de masse qui permettent l’identification des protéines d’un organisme vivant.

        - Le quatrième chapitre couvre la protéomique fonctionnelle avec les techniques qui permettent la mise en évidence des interaction des protéines. Nous verrons:

             —> L’approche génétique avec le double hybride;

             —> L’approche biochimique avec la co-immunoprécipitation et la chromatographie d’affinité;

             —> L’approche imagerie par immunofluorescence avec le FRET (Fluorescence Resonence Energy transfert).

        • Pré-requis

          - Liaisons chimiques (hydrogènes, ponts disulfures...)

          - Structures des acides aminés

          - Molécules amphotères et tampons biologiques.

          - Techniques biochimiques et immunologiques

          • Chapitre 1 -Cristallographie a rayons x

            • Contenu du chapitre 1 Page

              - Ce cours commence par une petite introduction à la protéomique  suivi d’une présentation de ses différentes visions, à savoir:

              La protéomique structurale, analytique et fonctionnelle. 

              - Le premier chapitre porte sur la protéomique structurale. Ce cours entreprend la cristallographie rayons x,  une technique qui étudie la structure 3D des protéines.

              - Tout d abord nous allons commencer par des rappels sur la structure 3D d’une protéine, ensuite nous allons définir la notion du cristal d’une manière générale, la découverte des rayons x et des premières structures cristallines, le rayon, l’onde et ses grandeurs caractéristiques, le spectre électromagnétique après quoi nous passerons à la cristallographie des protéines.

              - Pour étudier la structure cristalline d une protéine, il faut d’abord obtenir un cristal de protéine. L étape suivante est donc d’étudier la technique d’obtention d’un cristal de protéine par la méthode de la goutte pendante.

              - Nous verrons par la suite le diagramme de phase qui décrit la transition de phase de la matière, de l état liquide à l état solide. 

              - Nous verrons la loi de Thomson qui décrit le principe de diffraction des rayons x par les atome. Enfin, nous procéderons à la loi de Bragg et la résolution de la phase dont le but est d’interpréter le profil de diffraction.


            • Tester vos acquis 

            • Tests

              Vérifions nos acquis

          • Chapitre 2 -SDS-PAGE/WB

          • Chapitre 3 -Electrophorese 2D/Spectrométrie de masse

          • Chapitre 4 -Proteomique fonctionnelle, interaction des proteines

          • RDV avec votre enseignant

            • Contenu du cours Page

              - Rappel des notions AC monoclonaux et polyclonaux.

              -  Marquage immunologique direct et indirect.

              - protocol standard du marquage immunologique.

              - Définition de la fluorescence.

              - Le diagramme de Jablonski.

              - L’observation au microscope confocal à balayage laser.


          • Références bibliographiques

            - Abou Chakra OR; Sutra J.P; Demey Thomas E; Vinh J; Lacroix G; Poncet P. Proteomic analysis of major and minor allergens from isolated pollen cytoplasmic granules. J.Proteome.Res 2012; 11: 1208- 16.
            - Bouakkadia H; Boutebba A; Haddad I; Vinh J; Guilloux L; Sutra J.P; Sénéchal H;  Poncet. Immunoproteomics of non water-soluble allergens from 4legumes flours: peanut, soybean, sesame and lentil. Ann. Biol. Clin 2015; 73 (6): 690-704. 
             - Chekour L. Éléments de diffraction des rayons x et travaux pratiques. Université Frères Mentouri. Constantine.  
            - Marouf A; Tremblin G; (2009): ABREGE DE BIOCHIMIE. Ed. EDP Science. 
            - Clegg W. La cristallographie aux rayons x. Université Oxford. EDP sciences. 2015.
            - JBS Kit d’initiation à la cristallisation des protéines. Jena Bioscience, 2009.

            - Mouls L; Subra G; Aubagnac J.L; Martinez J; Enjalbal C. Tandem Mass Spectrometry of amidated peptides.J. Mass Spectrom,2006,41, 1470-1483. 
            - Mouls L; Aubagnac J.L; Martinez J; Enjalbal C. Low energy peptide fragmentation on an ESI-Q-TOF type mass spectrometer.J. Prot.Res. 2007, 6, 1378-1391. 
            - Palli Carmen. L’approche protéomique et ses applications. Sectiunea genetica si biologie moleculara. 2007.
            - Rusconi F; (2009): Manuel de spectrométrie de massa à l'usage des biochimistes. Ed. Tech et doc. Lavoisier. 
            - Shevchenko A; Wilm M; Vorm O; Mann M. Spectometric sequencing of protein silver- stained polyacrylamide gels. Ann. Chem 1996; 68: 850-8.